1. Керівництво

Начальник

Перший заступник начальника

Заступник начальника

Заступник начальника - начальник управління протидії митним правопорушенням та міжнародної взаємодії

2. Сектор охорони державної таємниці, технічного та криптографічного захисту інформації

3. Відділ матеріального забезпечення та розвитку інфраструктури. Сектор матеріально – технічного забезпечення.

4. Сектор по роботі з персоналом.

5. Відділ фінансування, бухгалтерського обліку та звітності.

6. Сектор митної статистики

7. Спеціаліст розгляду звернень та забезпечення доступу до публічної інформації

8. Сектор інформаційних технологій.

9. Юридичний сектор

10. Відділ організації митного контролю.

11. Відділ адміністрування митних платежів.

12. Управління протидії митним правопорушенням та міжнародної взаємодії

• відділ оперативного регування

• відділ провадження у справах про пропорушення митних правил 

13. Спеціаліст з питань запобігання та виявлення корупції

14. Сектор чергових

15. Митний пост «Кіровоград-центральний»

Сектор митного оформлення «Побузьке»

16. Митний пост «Олександрія»

Сектор митного оформлення «Світловодськ».