| № з/п | Назва структурного підрозділу |
| 2 |
| 1 | Керівництво |
| | Начальник |
| | Перший заступник начальника |
| | Заступник начальника |
| | Заступник начальника – начальник управління протидії митним правопорушенням та міжнародної взаємодії |
| 2 | Сектор організації роботи |
| 3 | Сектор охорони державної таємниці, технічного та криптографічного захисту інформації |
| 4 | Відділ матеріального забезпечення та розвитку інфраструктури |
| 5 | Сектор по роботі з персоналом |
| 6 | Відділ фінансування, бухгалтерського обліку та звітності |
| 7 | Сектор митної статистики |
| 8 | Спеціаліст розгляду звернень та забезпечення доступу до публічної інформації |
| 9 | Сектор інформаційних технологій |
| 10 | Юридичний сектор |
| 11 | Відділ організації митного контролю та оформлення |
| 12 | Відділ адміністрування митних платежів та митно-тарифного регулювання |
| 13 | Управління протидії митним правопорушенням та міжнародної взаємодії |
| | Відділ оперативного реагування |
| | Відділ провадження у справах про порушення митних правил |
| 14 | Сектор з управління ризиками |
| 15 | Спеціаліст з питань запобігання та виявлення корупції |
| 16 | Сектор чергових |
| 17 | Митний пост "Кіровоград-центральний" |
| | Сектор митного оформлення "Побузьке" |
| 18 | Митний пост "Олександрія" |
| | Сектор митного оформлення "Світловодськ" |
