Начальник Кіровоградської митниці ДФС:

сектор організації роботи;

сектор охорони державної таємниці, технічного та криптографічного захисту інформації;

сектор по роботі з персоналом;

юридичний сектор;

спеціаліст з питань запобігання та виявлення корупції

та інші підрозділи у межах виконуваних ним функцій і обов‘язків.

Перший заступник начальника Кіровоградської митниці ДФС:

відділ матеріального забезпечення та розвитку інфраструктури;

відділ фінансування, бухгалтерського обліку та звітності;

сектор митної статистики;

спеціалістрозгляду звернень та забезпечення доступу до публічної інформації;

сектор інформаційних технологій;

відділ адміністрування митних платежів та митно-тарифного регулювання та інші підрозділи у межах виконуваних ним функцій і обов‘язків;

взаємодія з державним підприємством «Сервісно-видавничий центр».

Заступник начальника – начальник управління протидії митним правопорушенням та міжнародної взаємодії Кіровоградської митниці ДФС:

управління протидії митним правопорушенням та міжнародної взаємодії;

сектор з управління ризиками;

сектор чергових та інші підрозділи у межах виконуваних ним функцій і обов‘язків;

Заступник начальника Кіровоградської митниці ДФС:

відділ організації митного контролю та оформлення;

митний пост «Кіровоград-центральний»;

митний пост «Олександрія» та інші підрозділи у межах виконуваних ним функцій і обов‘язків.